阿古柏是中亚细亚吉延(浩罕)的政治野心家。1865年乘中国内乱未平，新疆一些地方势力掀起反清运动的时机，侵入新疆，在血腥镇压的基础上，建立了分裂政权。为了维护其政权，阿氏先后同英国，俄国进行了一系列勾结，非法签订商约与协定，大批出卖我国新疆地区的权益，阿氏是个英俄帝国主义的走狗，是新疆各族人民的凶恶敌人。

　　但阿氏美梦不长，在其统治不到12年，其政权的丧钟就敲响了，1876年9月清军突然出现在天山以北，夺取了乌鲁木齐，正在紧紧围攻玛纳斯，当阿氏听到这个噩耗后，惊得目瞪口呆，不知所措，其实这意味着这个短期的不得人心的分裂政权未日即将到来的警钟敲响了。

　　现在就回顾一下忽然出现在新疆天山脚下这支清军的历史。清政府在解决了太平天国的起义和捻军造成的困难，在极度混乱的地方恢复了秩序，把一群乌合之众整顿成劲旅之后，就把他们的注意力转向他们从未忘怀的甘肃省外的东干造反者问题，云南获胜的军队没有被遣散，而是被调来参加在戈壁以外的新战役。皇帝的诏书很快到了这些老兵面前:诏书号召所有忠实军人为维护国家的光荣，和他们被屠杀的兄弟，被亵污的宗教而讨伐阿氏这个分裂的政权，统一大清帝国。象左宗棠统帅及张曜这样的将领所做的热情的榜样很快地为他们的全体士兵所效法。在这样旺盛士气之前，这支清军仿佛回到了当初清军开拓疆土，创立大清国时所向披靡的时代，那时一个省份的征服就是另一新的胜利的前奏，而参加每一次战役的队伍中都有前一战役的老兵在内。就这样，这支云南战役的胜利的清军，通过贯穿四川与陕西的长途行军到达了兰州府，即甘肃省会，在这里陕甘总督正在集聚集军需品并招募新兵以便把那些受过训练的士兵核心扩大到和一支侵略军队相称的规模。可以说，那些不需要在云南担任卫戍工作的部队，通过一条远离首都的迂回曲折的道路被调往西北边疆城市兰州，并在那里为自上一世纪中国收复新疆以来最艰巨的军事准备。

　　1874年底，清军先头部队就开始向西进军了。在兰州和哈密之间这个长达数千里的不毛地带，为了克服阻碍主力部队前进的困难耗费了一个冬天的时间。最后，随着戈壁沙漠平原上春季的出现，总共五万人的清军，就沿着贯穿沙漠的长路出发，向着天山南北更为肥沃的长路前进。尽管大家都知道西北有军事活动，但其目标和规模都是极其保密的。先头部队由于必须在沙漠里构筑固定的营舍，或毋宁说是屯居点，种植谷类以便来春能够进军，而经过耽延一段时间之后，清军在没有受到任何严重阻碍的情况下，就出现在乌鲁木齐城墙之前，这是东干领袖们决心守卫的地方。

　　防御并没有持久，几天后守军就投降了。大部被复仇的清军灭杀。

　　9月2日，清军就在玛纳斯防御工事前驻扎下了，玛纳斯城比乌鲁木齐地势坚固得多，并且由东干人以全部力量防守着。在清军出现引起的最初震惊过去以后，玛纳斯的守军看出这是为他们的生命而战。乌鲁木齐的攻陷，虽是一次军事上的胜利，但战役的成败还必须在玛纳城堡前决定。9月2日清军的排炮就开始向城墙的东北部分轰击，对四周城墙进行或重或轻的轰击达两个月之久。几次攻城被击退，但在八个星期的围攻以后，清军的顽强攻击仍和他们最初到达时一样。而东干人的粮草储备则已消耗殆尽了。随着供应的耗竭，他们的勇气也就耗竭了，在经过一次没有成功的突围后，，守城将领向清军前哨自首。11月6日守城主力由城里出来，但人员都是武装的，并且排列成完整的战斗队形，突围的意向很明显，清军立即采取行动，炮兵，骑兵，步兵马上发起袭击，在短时间内被消灭了，他们当中没有被杀的首领也都被立刻"处以极形"。

　　阿氏军事力量的重要一部分，东干军队的消灭，使1862年1863被阿氏主要是东干军队屠杀的驻守在新疆的清军的血得到了抵偿，中国人的威望恢复到了本世纪的最高峰。

　　远离乌鲁木齐与玛纳斯上千里住在喀什噶尔王宫里的阿氏是怎么做的呢?他手下有几个军官当时就在这两个城里，可清军攻前都溜之大吉了，为什么这样做呢，这是因为阿氏他是通过第一次东干战争和攻取库车之后，就用武力制服了东干族，但他十分不放心东干的军队，完全采取了隔岸观火甚至是渔翁得利的侥幸心理，其实他大错而又特错了，在对付清军方面，他们是唇齿相依的关系。到11月份阿氏无所做为，这使他个人号召力受到的损害比一次战事失利更为严重。它给他部下中的狂热分子的信心泼了冷水，而且这些人才是他最能干，最忠实的党羽，有种种迹象表明，有不满的并不限于新疆人民的一部分，而是遍及全体人民当中。东干战争一直就是不得人心的，而且是一种劳民伤财的血腥的作战行动，与俄英两国商贸交易，由于较大的天然障碍，也没有给当地人民提供在他们眼中认为唯一值得获得新的贸易的孔道。

　　由于人民的不满情绪，阿氏的权力必然会受到削弱，当他稍微清楚地看到这种情绪的时候，清军回来了，但阿氏已无力组织有效的反击。在库车以东的地方，如果还有人居住的话，那也不过是由于阿氏的代表的命令而被屠杀剩下的少数遗孤，这些人不会为他的野心而卖命的。喀什噶尔城的守备队主要是由被饶命的前清军士兵组成，要他们跟自己的同胞去战斗也不可能。军队中大多数都是东干人，然而就连他们当中也有不满情绪。他们有一切理由惧怕落入清军之手，那屠杀无辜的清军的正是他们，对于这种罪行阿氏至少是没有染手的;清军的忿怒行动首先是指向他们的。但他们对阿氏也有他们的怨恨。他曾在战场上打败了他们，而且他们与其说是受他劝诱，不如说更多地是受他强迫参加了他的军队。他们对安集延穆斯林的仇恨只是比对汉人的仇恨略逊一筹罢了;他们也想分裂的野心都被这个阿氏这个更大的野心家给挫败了。在1862年到1865间，他们曾冒着极大风险参加了分裂的叛乱，当他们完成任务的时候，他们发现自己所取得报酬被阿氏骗走了。所以当清军收复失地，消灭分裂势力时，阿氏军队的核心的确为数很少，但他所能依仗为他的王冠和宗教进行战争的人也只有这少数的核心。

　　1876年，当他忙于搜集武器和储备品的时候，他一定发现自己陷入孤立的境地了，他只有孤注一掷了，于是他把他所有军队，包括东干人在内，沿天山南边集中起来，总部设在吐鲁番。

　　守卫着穿过山脉的主要隘道的达板城堡垒，驻有九百个骑兵，配有滑膛枪和两尊大炮---一尊后膛炮。在吐鲁番和阿氏在一起的有三千骑兵和五百名步兵，有炮五尊，绝大多数是旧产品。托克逊是一个设防的地方，位于往库尔勒去的大路上，离吐鲁番近十里，驻有四千骑兵和二千步兵，有炮五尊。阿长子在这里指挥。在库尔勒有一千五百人不久也调往前线去了。阿氏不得不用这些分散在一个很广泛地区的一万七千人来抵御清军，清军不但在人数上占优势，如结果所示，在指挥上也占优势。