七月二十四日，清军2000多人进抵雅克萨城下，将城围困起来，勒令沙俄侵略军投降。托尔布津不理。八月，清军开始攻城，托尔布津中弹身亡，改由杯敦代行指挥，继续顽抗。八月二十五日，清军考虑到沙俄侵略者死守雅克萨，必待援兵，且考虑隆冬冰合后，舰船行动、马匹粮秣等不便，于是在雅克萨城的南、北、东三面掘壕围困，在城西河上派战舰巡逻，切断守敌外援。侵略军被围困近年，战死病死很多，826名侵略军，最后只剩66人。雅克萨城旦夕可下，沙皇急忙向清请求撤围，遣使议定边界。清答应所请，准许侵略军残部撤往尼布楚。雅克萨反击战结束后，双方于康熙二十八年（1689年）七月二十四日缔结了《中俄尼布楚条约》，规定以外兴安岭至海，格尔必齐河和额尔古纳河为中俄两国东段边界。黑龙江以北，外兴安岭以南和乌苏里江以东地区均为清朝领土。

　　雅克萨之战清军之所以取胜，首先是由于战争是正义的，得到了军民特别是边疆地区各族人民的热烈拥护和积极支持。其次是清军从长期的斗争中逐步认识和掌握了边界斗争的特点，采取了有效措施，作了较充分的准备。第三是实行了军政兼施的指导方针，在以武力为后盾的基础上，先对侵略者严辞警告，警告无效后，才发兵反击。反击时采取先扫外围，然后水陆并进，三面包围，一面堵截，断其外援的战法，迫使侵略军困守孤城并攻克之。

　　此战的胜利，是中国人民在辽阔的东北边界为保卫边防而进行的长期反复斗争的一次胜利，它挫败了沙俄跨越外兴安岭侵略我国黑龙江流域的企图，遏制了几十年来沙俄的侵略，使清东北边境在以后一个半世纪里基本上得到安宁，谱写了一曲反侵略斗争的凯歌。