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康有为、谭嗣同等人见密诏后，抱头痛哭，一筹莫展。 9月18日，谭嗣同夜访袁世凯，向他提出“杀荣禄，除旧党”，以救皇上的计划，袁世凯表面上满口答应，并慷慨陈词：“诛荣禄如杀一狗耳！”然后，袁世凯回天津，直奔总督衙门向荣禄告密。荣禄大惊失色，立即挂专车赴京，向慈禧太后报告。

9月21日，慈禧太后发动政变，宣布“临朝听政”，将光绪帝囚禁于中南海的瀛台。同时，下令逮捕康有为等维新派人士。谭嗣同、杨锐、林旭、刘光第、杨深秀、康广仁六人被杀于菜市口刑场，史称“戊戌六君子”。其他倾向变法和参预新政的官员被陆续罢官、监禁和戍边的达40多人。新政中除京师大学堂等保留外，其余全部被废除。

康有为在政变的前一天，按照光绪帝的意旨离京南下，由英国人保护逃往香港。政变发生的当天，梁启超躲入日本公使馆，后来由日本人掩护，化装逃到日本。梁启超在临行前，劝谭嗣同一起去日本。谭嗣同表示：“不有行者，无以图将来；不有死者，无以酬圣主。”并说：“各国变法，无不从流血而成，今中国未闻有因变法而流血者，此国之所以不昌也。有之，请自嗣同始！”充分表现了他为改革而勇于牺牲的精神。

戊戌变法是一次自上而下的资产阶级性质的改良运动，在社会上起了思想启蒙的作用，有利于资产阶级思想文化的传播。资产阶级维新派提出的挽救民族危亡、发展资本主义的主张，符合当时历史发展的趋势，具有爱国和进步的意义。但是，由于他们缺乏反帝反封建斗争的勇气，采取改良的办法，把希望完全寄托在没有实权的皇帝身上，脱离了广大人民群众。因此，当封建顽固守旧势力向维新派发动反扑时，维新运动如同昙花一现，归于失败。戊戌变法的失败证明，资产阶级改良道路在半殖民地半封建社会的中国是行不通的。